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Cloud words con R. Trabajar con la API del Europe PMC con R

Business Intelligence, Formación, Opinión, R,

Hace años ya tuvimos nubes de palabras en el blog y ya era hora de ir actualizando algunas cosas. Y además quería aprovechar y presentaros un paquete de R que nos permite consultar la API del Europe PMC. Para quien no sepa que es el Europe PMC podemos decir que es un un buscador de documentos y artículos científicos (que ahora todo el mundo molón llama papers) y que tiene una API desde la que podemos acceder desde R mediante el paquete europepmc.

Obtener datos de la API de Europe PMC con R

El primer paso para trabajar con la librería de R europepmc sería obtener el número de artículos publicados con el topic “Autism” en su descripción, para ello podemos hacer:

#install.packages("europepmc")
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(europepmc)

autismo <- epmc_hits_trend("Autism", period = 2000:2019, synonym = TRUE)
autismo
ggplot(autismo, aes(year,  query_hits)) + 
  geom_line() +
  xlab("Año de Publicación") + 
  ylab("Articulos publicados sobre Autismo")

La función del paquete de R europepmc epmc_hits_trend obtiene de un periodo dado el número de artículos y el número de artículos de un determinado tópico. Como vemos se está incrementando casi exponencialmente el número de artículos dedicados al Autismo en los últimos años, no es una tendencia particular, se está incrementando el número de papers (asco de término pero que tiene que aparecer para las búsquedas), estamos ante la “burbuja de los papers” ya que da mas notoriedad hacer mucho que hacer bien, ya se lo leerá una inteligencia artificial, en fin que me disperso. Pero la función que puede resultarnos más interesante es epmc_search que crea un data frame con las búsquedas de los artículos con su ISBN, fechas de referencia, autores,… nos va a servir para obtener unas nubes de palabras sobre los escritos acerca del autismo Seguir leyendo Cloud words con R. Trabajar con la API del Europe PMC con R →

Gráficos de calendarios con series temporales

Business Intelligence, Consultoría, Formación, Monográficos, R

Cuando se realizan gráficos de series temporales se emplean gráficos de líneas donde el eje X contiene la fecha y el eje Y contiene el valor a representar. Hoy quiero traer al blog otra forma de representar series temporales, los gráficos de calendario y su realización con R. Para ilustrar el ejemplo vamos a emplear las cotizaciones históricas del índice bursatil IBEX35:

require(quantmod)
require(ggplot2)
require(reshape2)
require(dplyr)
library(lubridate)

# Obtenemos las cotizaciones del IBEX 35 desde 2010
getSymbols('^IBEX', from = '2010-01-01')

# data frame de trabajo
df<-data.frame(date=index(IBEX),IBEX)

Mediante quantmod extraemos las cotizaciones del IBEX desde 2010 y creamos un data frame de trabajo que llamamos df. Vamos a realizar dos tipos de gráficos, un mapa de calor por años, meses, semanas y días y un calendario de un año puntual.

Calendario como mapa de calor por

Este es un gráfico basado en un trabajo anterior (¡de 2012!) y es una forma imaginativa de representar el cierre del IBEX 35 desde 2010 en una sola imagen. El primer paso será crear las variables a representar en el mapa de calor, el mes, el día de la semana y la semana dentro del mes:

df <- df %>% mutate(año=year(date),
                    mes=factor(month(date),levels=(1:12),
                               labels = c("ENE","FEB","MAR","ABR","MAY","JUN","JUL",
                                              "AGO","SEP","OCT","NOV","DIC"),ordered = T),
                    dia=factor(wday(date)-1,levels=rev(1:7),
                          labels=rev(c("L","M","X","J","V","S","D"))),
                    semanames=ceiling(day(date) / 7))

Ahora sólo queda representar el gráfico mediante ggplot2 donde los paneles de facet_grid serán los años en eje X y los meses en eje Y:

# Realizamos el calendario
calendario1<- ggplot(df, aes(semanames, dia, fill = IBEX.Adjusted)) + 
  geom_tile(colour = "white") + facet_grid(año~mes) + 
  scale_fill_gradient(low = "red", high = "darkgreen", na.value = "black") +  
  labs(title="Cierre histórico del IBEX", x ="Semana del mes", y = "")
calendario1

Un gráfico que me gusta bastante y una original forma de representar series temporales muy largas, no he usado paletas de colores pero imagino que los resultados mejorarán, podéis aportar esas mejoras en los comentarios.

Calendario con openair y calendarPlot

Si deseamos representar un calendario de un año concreto tenemos la función calendarPlot de openair (que me ha costado instalar en Ubuntu) que no puede ser más sencilla:

library(openair)
calendarPlot(df, pollutant = "IBEX.Adjusted", year = 2019, cols = "Greens")

Este último calendario no lo he usado pero la sintaxis es muy sencilla y el resultado queda bastante bien. Ahora vosotros mismos podéis juzgar si hay o no hay rally de fin de año.

Obteniendo los parámetros de mi modelo GAM

Formación, Machine Learning, Monográficos, R, Seguros

Vimos como los modelos GAM iban más allá del GLM porque en el momento de obtener los parámetros asociados al modelo de un factor nos proponían, en vez de una función lineal una función de suavizado no paramétrica para aquellos factores susceptibles de transformar en variables numéricas ordinales con un sentido determinado. Se trabajó con un modelo de riesgo con una sola variable como era la edad y al sumarizar el modelo no era posible obtener los parámetros en la salida. En último término nuestra intención con este tipo de modelos es obtener esos parámetros para transformarlos en relatividades. Qué sentido tiene obtener un buen modelo para Negocio si su resultado no se puede expresar en términos de incrementos o descuentos, en términos de relatividades.

La entrada del blog que ahora os propongo nos permite extraer los parámetros de cualquier modelo GLM o GAM a partir de la función predict y una de las opciones más olvidadas por todos nosotros: 

predict(modelo, newdata = datos,  type = "terms")

con type = “terms” lo que obtenemos en el momento de realizar la predicción son los parámetros del modelo que aplicamos, no es el resultado de la predicción.

Obteniendo las relatividades de nuestro modelo GAM

Partimos del ejemplo que estamos manejando en la serie de entradas:

library(dplyr)

varib <- c(edad = 2L, sexo = 1L, zona = 1L, clase_moto = 1L, antveh = 2L,
           bonus = 1L, exposicion = 8L, nsin = 4L, impsin = 8L)

varib.classes <- c("integer", rep("factor", 3), "integer",
                   "factor", "numeric", rep("integer", 2))

con <- url("https://staff.math.su.se/esbj/GLMbook/mccase.txt")
moto <- read.fwf(con, widths = varib, header = FALSE,
                 col.names = names(varib),
                 colClasses = varib.classes,
                 na.strings = NULL, comment.char = "")


library(mgcv)

moto$edad_numero <- as.numeric(moto$edad)

gam.1 <- gam(nsin ~ s(edad_numero,bs="cr",k=3) + zona, data=filter(moto,exposicion>0), 
             offset = log(exposicion), family = poisson(link='log'))
summary(gam.1)

Ejecutad este código y obtendréis un modelo GAM con la zona por la que circula el riesgo y una función de suavizado de la edad del asegurado. A la hora de sumarizar el modelo para la edad, la variable suavizada, no vemos parámetros solo una función, si queremos obtener parámetros solo aparece la zona, ¿cómo puedo obtener las relatividades que me arroja este modelo? Empleando predict como se indicó con anterioridad:

terminos <- data.frame(exp(predict(gam.1, newdata = moto, type = "terms")))
names(terminos) <- c("rela_zona","rela_edad") 
terminos <- cbind.data.frame(terminos,select(moto,zona,edad))

Se crea el data.frame terminos que tiene el exponencial del parámetro asociado a ese registro para los factores participantes en el modelo. Cabe señalar que predict no respeta el orden de las variables en el modelo, primero pone las variables que no están suavizadas y después las suavizadas. Después de obtener los parámetros registro a registro lo que hacemos es añadir al data frame los factores de los que deseamos obtener las relatividades y como os podéis imaginar la tabla de relatividades finalmente es el resultado de seleccionar los distintos elementos:

rela_zona <- distinct(select(terminos,zona,rela_zona))
rela_edad <- distinct(select(terminos,edad,rela_edad))

Ya sabéis, no subestiméis a predict...
 

Modelos GAM con R. Dejando satisfechos a los equipos de negocio

Formación, Machine Learning, Modelos, R

Los modelos GAM (Generalized Additive Model) son el conjuntos de modelos que tenemos los estadísticos, actuarios, data scientist o como nos denominen en el momento que leas esto para dejar a nuestros equipos de negocio contentos con los resultados de nuestro modelo GLM. No voy a entrar en los aspectos teóricos de este tipo de modelos, hay documentación como esta que os puede ayudar. Por qué se quedan contentos los equipos de negocio, porque nos ayudan a dar sentido a los modelos. Retomemos un ejemplo que vimos en otra entrada del blog: https://analisisydecision.es/los-parametros-del-modelo-glm-como-relatividades-como-recargos-o-descuentos/ en esta entrada presentamos como el resultado de un modelo GLM se transforma en una relatividad, en un mecanismo para ofrecer recargos y descuentos.

Si desarrollamos un modelo GLM en último término podríamos enseñar este gráfico al responsable comercial:

Parece evidente que a mayor edad mayor proporción de siniestros, además, a partir de los 40 – 45 puede considerarse que las relatividades no varían. Se aprecian tendencias, pero no tiene sentido de negocio aplicar directamente los resultados de las estimaciones, no podemos aplicar esas relatividades obtenidas, es necesario realizar un suavizado y seguramente nos veríamos tentados, una vez hecho el modelo, de aplicar unos suavizados posteriores a la obtención de los parámetros. Podríamos hacer:

#g2 es el gráfico anterior obtenido en https://analisisydecision.es/los-parametros-del-modelo-glm-como-relatividades-como-recargos-o-descuentos/

spline_edad_factor < - smooth.spline(relatividades$rela,w=relatividades$exp,spar=0.65)
g2 + geom_line(aes(y=spline_edad_factor$y *5000), group=1, color="green",size=1.5)

Con smoot.spline hacemos una función de suavizado para nuestras relatividades, el nivel del suavizado lo controlamos con el parámetro spar que va desde 0 (sin suavizado) a 1 (función lineal). El caso es que el resultado de ese suavizado ya podría tener un mayor sentido de negocio y tendríamos más contentos a nuestro equipo comercial, pero... lo estamos haciendo a posteriori, eso no es una estimación, es echar balones fuera. Bien, qué os parece si tenemos un mecanismo para hacer una función previa a la estimación, pues este mecanismo se denomina modelo GAM y la librería de R que vamos a emplear para aproximarnos a ellos es mgcv. Vamos a replicar el modelo más básico con la edad del conductor. Seguir leyendo Modelos GAM con R. Dejando satisfechos a los equipos de negocio →

Los parámetros del modelo GLM como relatividades, como recargos o descuentos

Consultoría, Data Mining, Formación, R

Los modelos GLM son muy empleados en el ámbito actuarial para la obtención de modelos de riesgo, estos modelos de riesgo son los elementos fundamentales en el cálculo de tarifas y qué es una tarifa, imaginad el precio del seguro de vuestra vivienda, bueno pues es un cálculo en el que partiendo de un precio base se van añadiendo recargos y descuentos en función del tipo de riesgo que se quiera asegurar (recargos y descuentos en función de los metros cuadrados, de la ubicación de la vivienda de las calidades de construcción….). Esta es una visión muy simplista porque al final se tienen múltiples garantías y es necesaria la combinación de garantías, pero se puede entender de ese modo, un precio base al que recargamos o descontamos precio. Estos recargos y descuentos se denominan frecuentemente relatividades y hoy quiero acercaros a la obtención de esas relatividades y como un modelo GLM se transforma en el precio de un seguro.

En la línea habitual del blog vamos a ilustrar con un ejemplo usando unos datos muy conocidos para el trabajo con GLM y modelos de cálculo de tarifas. El primer paso es cargar el conjunto de datos en nuestra sesión de R:

library(dplyr)

varib <- c(edad = 2L, sexo = 1L, zona = 1L, clase_moto = 1L, antveh = 2L,
           bonus = 1L, exposicion = 8L, nsin = 4L, impsin = 8L)

varib.classes <- c("integer", rep("factor", 3), "integer",
                   "factor", "numeric", rep("integer", 2))

con <- url("https://staff.math.su.se/esbj/GLMbook/mccase.txt")
moto <- read.fwf(con, widths = varib, header = FALSE,
                 col.names = names(varib),
                 colClasses = varib.classes,
                 na.strings = NULL, comment.char = "")

Los datos empleados pertenecen a una cartera de motocicletas, disponemos del número de siniestros (variable nsin), el importe de los siniestros (impsin), la exposición al riesgo de ese registro y una serie de factores que creemos pueden influir en la estimación del número de siniestros o del importe de los siniestros como son la edad, la zona, el nivel de bonificación,… Vamos a partir del modelo más sencillo, un modelo de frecuencia siniestral en base a un factor edad. Si realizamos con R un GLM clásico haríamos:

moto$edad_factor <- case_when(
  as.numeric(moto$edad) <=18 ~ 18, as.numeric(moto$edad) >=60 ~ 60,
  TRUE ~ as.numeric(moto$edad))

moto$edad_factor <- as.factor(moto$edad_factor)

glm.1 <- glm(nsin ~ edad_factor+offset(log(exposicion)), data=filter(moto,exposicion>0),
             family=poisson())
summary(glm.1)

Hemos creado un factor edad que va desde los 18 años hasta los 60, realizamos una regresión de poisson para estimar el número de siniestros, como al final lo que deseamos es crear una proporción de siniestros de la forma nsin/exposición (frecuencia siniestral) lo que hacemos es poner el nsin como variable dependiente y la exposición como variable offset, la única variable regresora es la edad en formato factor, con este modelo obtendremos un estimador para cada nivel del factor. Es un modelo aditivo de la forma log(Y) = B0 + Edad18*B1 + Edad19*B2 + … + log(exp) + Error pero si realizamos el exponencial de los parámetros obtenidos con el modelo tendremos E[Y/exp] = B’0 * Edad18*B’1 * Edad19*B`2 * … Es decir, el valor esperado para la frecuencia siniestral es función de unos parámetros que recargan o descuentan esa frecuencia esperada. Esos B’ que son el resultado de exp(B) es lo que denominamos relatividades. Esto es muy utilizado para la realización de modelos de riesgo en el cálculo de tarifas.

Obtención de las relatividades

Reiterando, el exponencial del parámetro obtenido con la formulación del modelo es lo que denominamos relatividad y esa relatividad multiplicada por un término independiente nos daría como resultado la estimación de la proporción de siniestros, la estimación de la frecuencia siniestral para cada nivel del factor. También es relevante estudiar y comprender como R presenta esos parámetros, si hacemos el exponencial de los parámetros del modelo glm.1 que hemos hecho tenemos:

data.frame(exp(glm.1$coefficients))
              exp.glm.1.coefficients.
(Intercept)                0.02986346
edad_factor19              0.48892314
edad_factor20              0.95974062
edad_factor21              0.73651804
….

¿Qué está pasando con la edad 18? Del término independiente pasa directamente a la edad 19 y de ahí hasta la edad 60, una estimación para cada nivel del factor a excepción del nivel 18. Bien, R considera al primer nivel del factor el nivel base, si lo vemos en forma de estimador un factor toma valor 1 si la observación está en ese nivel del factor y toma 0 si no lo está, pues si todos los estimadores presentes en el modelo toman el valor 0 el modelo estima que la proporción de siniestros en la edad 18 es de 0.02986, R no muestra ese estimador porque directamente no es necesario calcularlo, la edad 18 tiene una frecuencia siniestral del 3% Seguir leyendo Los parámetros del modelo GLM como relatividades, como recargos o descuentos →

Abierto el plazo para la matrícula en el Máster en Big Data y Data Science de la UNED

Formación

Si estáis buscando formación dentro del ecosistema de Big Data y Ciencia de Datos os recomiendo este máster de la UNED:

https://www.masterbigdataonline.com/index.php/en-el-blog/185-master-en-big-data-y-data-science-de-la-uned-matricula-abierta

No sólo lo recomiendo por contenido y por el modo de impartir ese contenido. Recomiendo que os matriculéis en el módulo de seguros. Saludos.

Parámetros en nuestra consulta SQL Server desde R. Truco R

Formación, R

Me han preguntado hoy como parametrizar una consulta de Sql Server desde R y la verdad es que es algo que me parecía muy sencillo y no me había planteado compartirlo. En mi caso suelo emplear la librería RODBC para acceder a Sql Server porque realizo las consultas vía ODBC, por este motivo lo primero debéis tener es configurado el origen de datos ODBC e instalada la librería RODBC en R. Para acceder vía R a los datos de Sql Server lo primero es crear la conexión a la BBDD:

conexion <- odbcConnect("ORIGEN_ODBC")

Ya estamos en disposición de realizar nuestras consultas sobre la BBDD de SQL Server, en R debemos ejecutar siempre:

objeto_r <- sqlQuery(conexion,"")

Con sqlQuery realizamos la consulta tal cual la realizaríamos en Sql Server y obtendremos el objeto en R o directamente puede salirnos en la consola. Recomiendo siempre cerrar las conexiones ODBC, R nos lo irá recordando de todas formas:

odbcCloseAll()

Con odbccloseAll cerramos todas las conexiones ODBC. Y si deseamos añadir parámetros a nuestra consulta desde R sólo tenemos que recordar que en sqlQuery metemos un texto por ello podremos hacer:

fecha <- '2019-08-01' 
conexion <- odbcConnect("ORIGEN_ODBC")
objeto_r <- sqlQuery(conexion,paste0("SELECT * FROM TABLA WHERE FECHA>", fecha ,"AND ESTADO='1'"))
odbcCloseAll()

En ocasiones realizamos consultas más complejas, yo suelo "jugar con frases" y directamente pasar a sqlQuery la frase. Truco sencillo.

Los principales problemas de los españoles. Animaciones con R y gganimate

Consultoría, Formación, Opinión, R, ,

La realización de gráficos animados con R, gganimate y ggplot2 es algo que quiero empezar a trabajar en mis visualizaciones de datos, una buena forma de llamar la atención sobre nuestros gráficos. Para ilustrar el ejemplo he recogido los datos que publica mensualmente el CIS con las 3 principales preocupaciones de los españoles que podéis encontrar en este enlace, por cierto, este enlace tiene toda la pinta de ser una salida en SAS, no me parece muy apropiado pero no diré nada porque imagino que serán lectores del blog (ya podíais hacer una salida más acorde con los tiempos). El caso es que la primera parte de nuestro trabajo será el “scrapeado” de la web. Scrapear verbo regular de la primera conjugación:

library(XML)
library(dplyr)
library(lubridate)

#Lectura de los datos del CIS
url < - "http://www.cis.es/cis/export/sites/default/-Archivos/Indicadores/documentos_html/TresProblemas.html"
doc = htmlParse(url,  encoding = "UTF-8")
tableNodes = getNodeSet(doc, "//table")

#Leemos la tabla que tiene un formato un tanto peculiar
problemas <- readHTMLTable(tableNodes[[2]], skip.rows=1)
problemas <- problemas %>% filter(!is.na(V1)) 

#Transformamos los puntos en 0, parece que estuviera hecho con SAS
haz.cero.na=function(x){ifelse(x==".",0,as.numeric(as.character(x)))}

problemas < - cbind.data.frame(as.character(problemas$V1),sapply(problemas,haz.cero.na),stringsAsFactors=FALSE)
problemas <- problemas %>% select(-V1)

#El primer elemento de la tabla contiene los nombres que vamos a emplear
nombres < - readHTMLTable(tableNodes[[2]])[1,]
nombres$V1="Problema" 
nombres <- as.vector(t(nombres))

names(problemas) <- nombres

#Hay un registro en la tabla que tiene el número de encuestas, no es necesario
problemas <- filter(problemas,Problema != "(N)")

Cosas interesantes en el código. Hacemos HTMLParse de la web y nos quedamos con las tablas, Seguir leyendo Los principales problemas de los españoles. Animaciones con R y gganimate →

Mapa de códigos postales con R. Aunque el mapa es lo de menos

Formación, Mapas, Monográficos, R, ,

Entrada para facilitar la realización de mapas de códigos postales de España con R. Todo parte del trabajo de Íñigo Flores al que ya mencionamos en otra entrada. Íñigo descargó de Cartociudad y recopiló los objetos shape file para realizar estos gráficos y los subió a su repositorio, están desactualizados pero puede ser suficiente para la realización de mapas de códigos postales. Íñigo subió en formato .zip todos los archivos necesarios provincia a provincia como lo tenía Cartociudad. Podemos clonarnos el repositorio o leer directamente de github, en cualquier caso necesitamos una función en R que nos permita leer archivos comprimidos en formato zip y cuando lea el zip seleccionar que expresamente lea el archivo shp que contiene el spatial data.

Función para la lectura de archivos comprimidos zip con R

library(maptools)

leer.zip <- function(archivozip) {
  zipdir <- tempfile()
  dir.create(zipdir)

  unzip(archivozip, exdir=zipdir)
  
  archivo <- list.files(zipdir)
   
  archivo <- archivo[grepl("shp",archivo)>0]
  archivo <- paste(zipdir, archivo, sep="/")
  readShapeSpatial(archivo)
}

Esta función leer.zip permite leer archivos zip, guardarlos en un directorio temporal y posteriormente sólo lee aquel archivo extraído que en su nombre contenga el texto “shp”. Función interesante que modificada ligeramente os permitirá descomprimir cualquier archivo y leer el elemento que deseáis, además de un buen ejemplo de uso de unzip. En este punto, como comentamos antes, podemos leer directamente de github con R.

Leer archivo zip de github con R

url <- 'https://github.com/inigoflores/ds-codigos-postales/raw/master/archive/42605-NAVARRA.zip'

tf = tempfile(tmpdir=tempdir(), fileext=".zip")
download.file(url, tf)
navarra <- leer.zip(tf)

Creamos un temporal para descargarnos el zip pero es necesario especificar la extensión. Descargamos de la url correspondiente el archivo con los elementos comprimidos y el objeto navarra será el resultado de la lectura del shapefile con los códigos postales de Navarra. La otra forma es clonar el repositorio y acceder directamente al directorio:

navarra <- leer.zip('C:\\temp\\personales\\wordpress\\ds-codigos-postales-master\\archive\\42605-NAVARRA.zip')

Otro de los motivos de esta entrada es mostraros como podemos realizar mapas de modo rápido con la librería tmap.

Ejemplo de mapa quick & dirty con R

library(tmap)

navarra <- leer.zip('C:\\temp\\personales\\wordpress\\ds-codigos-postales-master\\archive\\42605-NAVARRA.zip')
navarra@data$dato <- rpois(nrow(navarra@data),2)
qtm(shp = navarra, fill = "dato", fill.palette = "Blues")

La función qtm se traduce como -Quick thematic plot- y quick es muy quick. El mejor balance entre rápido y sencillo que hay (bajo mi punto de vista). En el ejemplo se pinta un dato aleatorio pero podéis hacer una left join con vuestros datos (que me conozco a algunos). Y si queremos crear un objeto con cada uno de los elementos que preparó Íñigo podemos hacer.

Lectura de archivos y creación de data frame mediante un bucle que lee otro data frame

trabajo <- 'C:/temp/personales/wordpress/ds-codigos-postales-master/archive/'
provincias <- list.files(trabajo)
provincias <- data.frame(archivo=provincias)
provincias$nombre <- substr(provincias$archivo,regexpr("-",provincias$archivo)+1,length(provincias$archivo))
provincias$nombre <- gsub('.zip','',provincias$nombre)

for (i in 1:nrow(provincias) ){
  instruccion <- paste0(provincias$nombre[i],' <- leer.zip("',trabajo,provincias$archivo[i],'")')
  eval(parse(text=instruccion))
}

Código rudimentario que crea un data frame a partir de los archivos de un directorio de trabajo, los archivos son los .zip que nos clonamos de github y con ellos vamos a crear 52 data frame para cada una de las provincias. El nombre de los archivos es XXXX-provincia.zip por eso tenemos que usar algunas funciones de texto para obtener el nombre de la provincia como regexpr que nos permite encontrar la primera posición en la se encuentra un patrón dentro de un texto, por otro lado gsub nos sirve para sustituir un patrón de texto por otro. Así leemos desde el – y posteriormente tenemos que eliminar el .zip para tener el nombre de cada provincia. Y por último un clásico en mis programas de R herencia de los tiempos en los que trabajaba con macros en SAS, tengo que recorrer ese data frame con los elementos del directorio y el nombre del objeto será una columna del data frame y el archivo a leer otra columna, para evaluar un texto el mítico eval ( parse ( text = nunca me falla, habrá formas más elegantes pero esta son dos líneas. Siempre hay que poner talento en la construcción de la instrucción y acordarse de cerrar paréntesis y demás. Ejecutando eso tendríamos un objeto para cada provincia, si queremos toda España.

Creación de un mapa de España por códigos postales

trabajo <- 'C:/temp/personales/wordpress/ds-codigos-postales-master/archive/'
provincias <- list.files(trabajo)
provincias <- data.frame(archivo=provincias)
provincias$nombre <- substr(provincias$archivo,regexpr("-",provincias$archivo)+1,length(provincias$archivo))
provincias$nombre <- gsub('.zip','',provincias$nombre)

for (i in 1:nrow(provincias) ){
  instruccion <- paste0('borrar <- leer.zip("',trabajo,provincias$archivo[i],'")')
  eval(parse(text=instruccion))
  if (i == 1) {espania <- borrar}
  espania <- rbind(espania,borrar)
  remove(borrar)
}

plot(espania)

Otro bucle con la marca de la casa pero que funciona perfectamente, leemos uno a uno cada zip con las provincias y con rbind podemos unir los objetos spatial para poder pintar el mapa de España y cuidado que esto si genera un objeto de casi 120 MB. Podéis manejar los objetos spatial data y así reducir su tamaño, así como idea por si pongo el código en el repositorio.

El caso es que ya sabéis como hacer un mapa de España de códigos postales con R, incluso si sois avezados podéis guardar el objeto final resultante y utilizarlo con QGIS u otra herramienta que uséis para hacer mapas. Además esta entrada es todo un compendio de malas prácticas en programación con R que funcionan a las mil maravillas, desde leer archivos zip con R, seleccionar el que deseamos a funciones de texto para extraer con condiciones, ejemplo de gráfico de mapa rápido con tmap y un bucle que lee un data frame y genera objetos con él.

Guardar objeto de R como shapefile (shp)

 writeSpatialShape(espania, "C:/temp/personales/wordpress/espania.shp")

Por último podemos guardar el objeto resultante de R para usarlo directamente con QGIS, se generan todos los archivos necesarios, el shp, el dbf y el otro.

Gráfico de correlaciones entre factores. Gráfico de la V de Cramer

Formación, Modelos, R

Un gráfico muy habitual a la hora de construir modelos de riesgo para el cálculo de tarifas es el gráfico de correlaciones de la V de Cramer que nos sirve para medir la correlación entre factores, entre variables cuantitativas hace muchos años ya escribí sobre el tema. Hoy os traigo la creación de un corrplot con R aplicado a la V de Cramer y además os descubro una función muy elegante para realizar este análisis de correlaciones entre factores, esta función está sacada de stackoverflow (como no) y añado un análisis gráfico que nos permite conocer algunas opciones de corrplot. 

 library(vcd)
library(corrplot)
library(tidyverse)

data(mtcars)

#Partimos de una matriz vacía con las dimensiones apropiadas
empty_m <- matrix(ncol = length(correlaciones),
                  nrow = length(correlaciones),
                  dimnames = list(names(correlaciones),
                                  names(correlaciones)))

#Calculamos el estadístico y vamos rellenando la matriz
calculate_cramer <- function(m, df) {
  for (r in seq(nrow(m))){
    for (c in seq(ncol(m))){
      m[[r, c]] <- assocstats(table(df[[r]], df[[c]]))$cramer
    }
  }
  return(m)
}

Lo que hace la brillante función es, partiendo de una matriz cuadrada con los factores, ir rellenando con el correspondiente cálculo de la V de Cramer. El resultado final será igual que una matriz de correlaciones por lo que podremos realizar el gráfico.

predictoras <- c("cyl","vs","am","gear","carb")
correlaciones <- select(mtcars,predictoras)

cor_matrix <- calculate_cramer(empty_m ,correlaciones)
#Ya podemos graficarlo
corrplot(cor_matrix, method="number", is.corr=F,type="upper", diag=F, cl.lim=c(0,1))

remove(correlaciones)

El resultado:

Aspectos interesantes con la función corrplot, con method = "number" sale el valor, no me gustan las bolas, aunque podéis probar con pie, mejor poned is.corr = F con type="upper" sale la parte superior de la matriz, quitamos la diagonal que es 1 con diag=F y la V de Cramer es un valor que va entre 0 y 1 con cl.lim establecemos los límites de la leyenda en el gráfico de correlaciones. A partir de aquí cada uno que establezca un umbral para determinar que dos factores están correlados, yo por ejemplo lo establezco en 0.33, saludos.