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Lectura de archivos csv con Python y Pandas

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A continuación os planteo un acercamiento básico a la lectura de archivos csv con Python y algunos trucos para facilitar la vida cuando realizamos importaciones basados en la experiencia como son leer los primeros registros del csv o realizar una lectura de observaciones aleatoria por si el archivo es muy voluminoso. Para realizar las importaciones vamos a emplear Pandas y la función read_csv con sus infititas opciones:

 pd.read_csv(filepath_or_buffer, sep=', ', delimiter=None, header='infer', names=None, index_col=None, usecols=None, squeeze=False, prefix=None, mangle_dupe_cols=True, dtype=None, engine=None, converters=None, true_values=None, false_values=None, skipinitialspace=False, skiprows=None, nrows=None, na_values=None, keep_default_na=True, na_filter=True, verbose=False, skip_blank_lines=True, parse_dates=False, infer_datetime_format=False, keep_date_col=False, date_parser=None, dayfirst=False, iterator=False, chunksize=None, compression='infer', thousands=None, decimal=b'.', lineterminator=None, quotechar='"', quoting=0, escapechar=None, comment=None, encoding=None, dialect=None, tupleize_cols=None, error_bad_lines=True, warn_bad_lines=True, skipfooter=0, doublequote=True, delim_whitespace=False, low_memory=True, memory_map=False, float_precision=None)

Para trabajar la entrada vamos a necesitar dos archivos de texto:

Como costumbre poner la ubicación del archivo y después la lectura:

path = 'C:/temp/'

import pandas as pd
df = pd.read_csv (path + 'index.csv')
df.head()

En este caso la vida es maravillosa y ha salido todo a la primera pero sabemos que eso no pasa siempre, ejecutáis:

df = pd.read_csv (path + 'bank-additional-full.csv')
df.head()

El separador es distinto:

df = pd.read_csv (path + 'bank-additional-full.csv', sep = ';')
df.head()

La vida sigue sin ser muy complicada porque el archivo de ejemplo tiene pocos registros, pero imaginad que leéis unas docenas de GB por ello previamente es mejor ejecutar:

df = pd.read_csv (path + 'bank-additional-full.csv', nrows= 200)
df.shape

con nrows = 200 leemos las primeras 200 líneas y podemos comprobar si lo estamos leyendo correctamente y podemos ahorrarnos disgustos, tiempo y trabajo. E incluso estaría bien no leer las docenas de GB porque no tenemos suficiente memoria o porque no necesitamos leer entero el archivo podemos leer por trozos:

meses = ['may', 'jul']
df = pd.DataFrame()
for trozo in pd.read_csv(path + 'bank-additional-full.csv', sep=';',
                             chunksize=1000):
    df = pd.concat([df,trozo[trozo['month'].isin(meses)]])

df.month.value_counts()

Con chunksize estamos leyendo el archivo csv en trozos (chunks) de 1000 en 1000 y nos quedamos sólo con aquellos que cumplan un determinado requisito, en este caso que el campo month sea may o jul. E incluso podéis leer el csv extrayendo una muestra aleatoria mientras leéis el fichero por partes y no sobre pasar la memoria:

df2 = pd.DataFrame()
for trozo in pd.read_csv(path + 'bank-additional-full.csv', sep=';',
                             chunksize=1000):
    df2 = pd.concat([df2,trozo.sample(frac=0.25)])
df2.shape

Este último truco puede servir para leer csv extremadamente grandes y realizar los primeros análisis aproximativos a nuestro problema porque como dice un buen amigo «si en 200.000 registros no encuentras una señal no hace falta que cargues millones».

Data Management básico con Pandas

Formación, Python

Entrada dedicada al manejo de datos más básico con Python y Pandas, es análoga a otra ya realizada con dplyr para R. Sirve para tener en un vistazo las tareas más habituales que realizamos en el día a día con Pandas. Para aquel que se esté introduciendo al uso de Python puede ser de utilidad tener todo junto y más claro, a mi personalmente me sirve para no olvidar cosas que ya no uso. En una sola entrada recogemos las dudas más básicas cuando nos estamos iniciando con Python. Las tareas más comunes son:

  • Seleccionar columnas
  • Eliminar columnas
  • Seleccionar registros
  • Crear nuevas variables
  • Sumarizar datos
  • Ordenar datos

Para variar vamos a emplear el conjunto de datos iris y que nos descargamos directamente de una url para ello las primeras sentencias que hemos de ejecutar son las siguientes:

import pandas as pd
import io
import requests
url='https://raw.githubusercontent.com/uiuc-cse/data-fa14/gh-pages/data/iris.csv'
s=requests.get(url).content
df=pd.read_csv(io.StringIO(s.decode('utf-8')))

Este código es un buen ejemplo de como obtener un csv directamente de una url porque en ocasiones pueden surgir problemas.

Seleccionar columnas:
Directamente

df2 = df[['sepal_length','sepal_width']]
df2.head()

Mediante una lista, parece más claro.

seleccionadas = ['sepal_length','sepal_width']
df2 = df[seleccionadas]
df2.head()

Eliminar columnas:

df3 = df.drop(columns=['sepal_length','sepal_width'])
df3.head()

Seleccionar registros:

Con condiciones simples, los operadores se pueden consultar pero no son «extraños». También se presenta la función value_counts() que es una sumarización muy habitual.

df['species'].value_counts()
df4 = df[df['species']=="setosa"]
df4['species'].value_counts()

Algo que tiene especial relevancia (desde mi punto de vista) son los paréntesis en condiciones complejas o múltiples cuando usamos Pandas.

df5 = df.loc[(df.sepal_length<5) & (df.species=="setosa")]
df6 = df[(df['sepal_length']<5) & (df['species'] != "setosa")]

Particularmente la función isin para hacer condiciones del tipo in en listas la encuentro de mucha utilidad.

lista = ['setosa', 'virginica']
df7 = df[df['species'].isin(lista)]
df7['species'].value_counts()

Crear nuevas variables:

df['sepal_length_tipi'] = df['sepal_length']/df['sepal_length'].mean()
df['sepal_length_tipi'].describe()

En este sentido destacaría el uso de la función de numpy where, el famoso np.where que trabaja igual que el ifelse de R.

import numpy as np

df['sepal_length_altas'] = np.where(df['sepal_length'] > np.mean(df['sepal_length']),
                                    "Por encima de la media", "Por debajo de la media")
df['sepal_length_altas'].value_counts()

Sumarizar datos:

df[['sepal_length','species']].groupby('species').mean()
df[['sepal_length','species']].groupby('species').count()

Sumarizar por múltiples columnas tienes que listar variables.

df.groupby(['species','sepal_length_altas']).min()

Ordenar data frames con python pandas:

df8 = df.sort_values('sepal_length',ascending=[True])

Si queremos ordenar por múltiples campos del data frame con distintos órdenes:

df9 = df.sort_values(['sepal_length','sepal_width'],ascending=[True,False])

Pero en pocas líneas quedan recogidas las principales tareas con registros y columnas que se pueden hacer en un data frame con Pandas. La siguiente entrada irá encaminada a la unión de data frames con Python y Pandas.

Truco Python. Reemplazar una cadena de caracteres en los nombres de las columnas de un data frame

Python, Trucos

Más largo el título de la entrada que la entrada en si misma. Tenemos un conjunto de datos que os podéis descargar de este link que ya es conocido. Os descargáis los datos y creamos un data frame que tiene 10.000 registros y 251 columnas, casi todas se llaman attx y queremos cambiar el nombre a columna_x. Mi sugerencia para hacerlo vía pandas es:

import pandas as pd
df = pd.read_csv('C:\temp\wordpress\au2_10000.csv')
df.head()

df.columns = df.columns.str.replace('att','columna_')
df.head()

Espero que sea de utilidad. Saludos.